Le KSK vise en définitif à regrouper la majorité des commandos allemands, et ainsi le groupe à une organisation spécifique: 
 
Chaque compagnie est dirigée par un brigadier et ce dernier est sous les ordre de la compagnie de quartier général. Le KSK est composé: 
 
- 4 Compagnies de Commandos. 
- 1 Compagnies de Reconnaissance en Profondeur. 
- 1 Compagnie d'Appui. 
- 1 Peloton d'entraînement. 
 
Chaque compagnie Commandos comportent 5 dont 1 de commandement et les 4 autres d'action. 
 
Dans ses quatre dernières équipes , se trouvent 4 équipes de 4 soldats, entraînés dans des spécialités différentes, médecine, explosifs, armement, communication, direction d'une équipe ou varappe. 
 
Une grande spécialité de ce groupe est l'évacuation de ressortissants ou d'otages en zone hostile. Ou l'exfiltration d'espions envoyés sur le terrain. Un peloton a été spécialement formé pour ses techniques et suit des entraînements avec le GSG-9 pour tout ce qui est assaut en bâtiment. 
 
De son côté le peloton de Reconnaissance en Profondeur regroupe un groupe de commandement et deux commandos d'action. Ses groupes d'actions sont séparés en 20 groupes de 4 soldats chacun. Ainsi le Quartier général pour ses missions peut puiser dans plusieurs groupes pour constituer une équipe d'action. 
 
Dans le Quartier général un peloton est chargé d'organiser les liaisons et de transmettre les ordres aux unités sur le terrain. Ils utilisent pour cela des systèmes de communication appelés HF, High Frequency) et des équipes de liaison par satellite.